Dopo gli studi al Conservatorio Darius Milhaud di Aix con Jacqueline Courtin e Bernard Flavigny, è stato ammesso al Conservatorio Nazionale Superiore di Musica e Danza di Parigi dove ha preso lezioni con Geneviève Joy, Jean Hubeau, Christian Ivaldi e Dominique Merlet. In Francia ha lavorato anche con: Carlos Roqué Alsina, Alberto Neuman, Evgeny Malinin. Nel 1984 ha vinto il Primo Premio al Concorso Internazionale Acanthes presieduto da Iannis Xenakis. Nel 1986, una borsa di studio lo portò al Conservatorio Tchaikovsky di Mosca, dove Henriette Mirvis, Samvil Alumian, Mikhail Vosskressensky e Lev Naoumov furono i suoi mentori. Lo stesso anno ha vinto un premio al Primo Concorso Pianistico Frantz Liszt di Utrecht. Michel Bourdoncle ha avuto un'attiva carriera concertistica e si esibisce regolarmente nelle migliori sedi di tutto il mondo: Carnegie Hall di New York, Sala di San Paolo, Teatro Municipal de Rio de Janeiro, Sala Grande del Conservatorio Ciajkovskij di Mosca, Palazzo Anichkov di San Pietroburgo, Sala Verdi di Milano, Weinbrenner Saal di Baden-Baden, Teatro Real di Madrid, Salle Gaveau e Théâtre du Châtelet di Parigi, Teatro Toursky di Marsiglia, Corum di Montpellier, Salle Paderewsky di Losanna, Grande Salle del Conservatorio Reale di Bruxelles, Il Castello di Lubiana, il Teatro Filarmonico di Odessa, la Filarmonica di Chisinau, la Radio di Bucarest, le Orchestre Filarmonica di Cluj-Napoca, Lasi, Timisoara, Craiova e Bacau, Smetana Hall di Praga, Suntory Hall di Tokyo, Beijing Poly Theatre, Shanghai Grand Theatre, Mahidol University di Bangkok, Hanoi Grand Theatre... Michel Bourdoncle ha suonato con: Geneviève Joy, Luba Timofeveyeva, Sa Chen, Cristina Anghelescu, Marianne Piketty, Cécile Perrin, Erick Friedman, Florin Ionescu-Galati, Pierre Hommage, Francis Duroy, Olivier Charlier, Mark Peskanov, Yuri Bashmet e i Solisti di Mosca, Kirill Rodin, Stephen Kates, Dominique de Williencourt, Frédéric Lagarde, Philippe Cuper, Giampiero Sobrino, Jean-Marc Boissière, Amaury Wallez, Dang Thai Son, Konstantin Lifschitz, Jacques Rouvier, Georges Pludermacher. Si è inoltre esibito con i seguenti quartetti: Via Nova, Manfred, Élysée, Johannes, Transilvanien, Camerata de Varsovie, Archimède, Amazonien, Debussy... È il dedicatario di opere di molti compositori tra cui Carlos Roque Alsina, Nicolas Bacri, Tristan Patrice Challulau... Ha registrazioni con Doron Music, Ems Master Sound, Naxos Marco Polo, 3D Classics. Dal 1981 al 1991 Michel Bourdoncle ha lavorato come accompagnatore per il Conservatorio Nazionale Superiore di Musica e Danza di Parigi. Ha inoltre insegnato pianoforte al Conservatorio Nazionale Superiore di Musica e Danza di Lione e musica da camera al Conservatorio regionale di Marsiglia.